層流手術(shù)室的空氣凈化系統(tǒng)本身并沒有殺菌（fungus)功能，它是通過過濾塵埃極大限度地消除特殊結(jié)構(gòu):莢膜、鞭毛、菌毛附著的載體，而殘存的浮游菌及其他感染手術(shù)遺留的致病菌還會附著在醫(yī)療器具的表面及空氣中。手術(shù)室凈化采用空氣潔凈技術(shù)對微生物污染采取程度不同的控制，達到控制空間環(huán)境中空氣潔凈度適于各類手術(shù)之要求；并提供適宜的溫、濕度，創(chuàng)造一個潔凈舒適的手術(shù)空間環(huán)境。由于手術(shù)室要嚴格控制低細菌數(shù)及低麻醉氣體濃度，所以層流超凈裝置的穩(wěn)定性是層流凈化手術(shù)室的重要驗收指標。鑒于目前百級以下的層流手術(shù)室多采用亂流潔凈室設(shè)計，所以還存在氣流循環(huán)（continue)死角，是手術(shù)室致污原因之一。
手術(shù)床墊、體位墊與手術(shù)病人接觸機會最多，術(shù)中體腔內(nèi)滲出液、膿液、血液最易遺留在手術(shù)床墊及體位墊上，屬于高度危險品。手術(shù)室凈化由于歐美手術(shù)室潔凈標準與中國環(huán)境存在細微差別，常規(guī)的國際標準和國內(nèi)區(qū)域行業(yè)標準都普遍難于確保手術(shù)室凈化的長期穩(wěn)定（一般只能3-10年重建、低檔工程1年即需要翻新），所以在工程質(zhì)量方面出現(xiàn)了明顯的檔次劃分。一些知名凈化工程公司，在通行標準之外，基本都設(shè)有自身執(zhí)行的高于國際化通行標準的凈化指標。凈化手術(shù)室各手術(shù)室空氣凈化系統(tǒng)在手術(shù)室墻面四角、凈化機組、天花板、走廊、新風(fēng)機、排風(fēng)機都設(shè)有不同級別的過濾器，并對其進行定期清潔、維修和更換，嚴格保證室內(nèi)空氣的無菌。另外，手術(shù)間踏腳凳是醫(yī)護人員術(shù)中腳踩的矮凳，多為木制，由于鞋底頻繁（frequency)接觸地面，因此污染機會較多，加之踏腳凳底部常被沖洗體腔的液體沾濕，利于特殊結(jié)構(gòu):莢膜、鞭毛、菌（fungus)毛生長。
接送患者的推車同時出入有菌（fungus)區(qū)、無菌(意思:沒有活菌)區(qū)和清潔區(qū)，將大量的特殊結(jié)構(gòu):莢膜、鞭毛、菌毛帶入交換區(qū)，而外出的推車又將病房的特殊結(jié)構(gòu):莢膜、鞭毛、菌毛帶入交換區(qū)，推車上的被褥也常被手術(shù)病人的血跡、引流物污染，其他病人繼續(xù)使用時就會成為污染源。
手術(shù)室拖布是特殊結(jié)構(gòu):莢膜、鞭毛、菌毛（fungus)滋生源和傳播病菌的載體。由于長年潮濕加之拖布中間的缺氧(Oxygen)環(huán)境，極利于厭氧菌和銅(化學(xué)式Cu)綠假單胞菌的生長。用于清潔層流手術(shù)室地面時，勢必造成地面嚴重污染。洗器械的水池也是手術(shù)室細菌的滋生源，感染手術(shù)后的器械雖規(guī)定先用消毒液浸泡后清洗，但總有殘留的致病菌污染水池表面及下水孔周圍，再清洗其他物品時就會將細菌傳播到別處。